Η δημιουργία των ΕΚΦΕ είναι αποτέλεσμα της πίεσης των καθηγητών του κλάδου ΠΕ4 (Ε.Ε.Φ.) εξ αιτίας της έλλειψης εργαστηριακής υποδομής σε αρκετά σχολεία, συνεχούς επιμόρφωσης, συντονισμού και κατά συνέπεια της ελλιπούς διδασκαλίας των Φυσικών μαθημάτων τόσο στο Γυμνάσιο όσο και στο Λύκειο. Οι ελλείψεις αυτές είχαν αναγνωρισθεί από το Υπουργείο Παιδείας που με την αρ. Γ2/2306/23-4-93 συγκρότησε επιτροπή που εισηγήθηκε για την αποδοτικότερη διεξαγωγή του έργου του ΥΠ.Ε.Π.Θ. με τον προγραμματισμό της εργαστηριακής-πειραματικής διδασκαλίας των Φυσικών μαθημάτων στο Γυμνάσιο και στο Λύκειο.

Υποκατάστατα του σημερινού ΕΚΦΕ είχαν δημιουργηθεί από τα τοπικά παραρτήματα της Ένωσης Ελλήνων Φυσικών σε  συνεργασία με τις αντίστοιχες δ/νσεις Μ.Eκπ/σης και τους τότε συμβούλους Φυσικών. Π.χ στο Ηράκλειο το επονομαζόμενο Κ.Ε.ΦΥ. (Κέντρο Επιμόρφωσης Φυσικών) που λειτουργούσε στο Καπετανάκειο (σήμερα υπόγειο-ισόγειο του 1ου Γυμνασίου).

Η πρώτη επίσημη προσπάθεια συγκρότησης και λειτουργίας Εργαστηριακού Κέντρου Φυσικών Επιστημών (Ε.Κ.Φ.Ε.) στο νομό μας έγινε το 1993, αλλά σκόνταψε στο γνωστό πρόβλημα της έλλειψης στέγης κι έτσι δεν προχώρησε η ίδρυσή του τυπικά. Μερικά λειτουργούσε στο Καπετανάκειο με την βοήθεια της Ε.Ε.Φ., συναδέλφων, του τότε Σχολ.Συμβούλου Μαν.Καλοψικάκη,του σημερινού υπευθύνου 1ου Ε.Κ.Φ.Ε. Γιάννη Λεβεντάκη , του Μπικάκη Παντελή   και με εποπτικά μέσα από το εργοστάσιο εποπτικών μέσων, από τα σχολεία και αγορές του παρ/τος Ε.Ε.Φ.

Με την μετακίνηση των εργαστηρίων του Σ.Ε.Κ. από τα νοικιασμένα υπόγεια της Εμμ.Καστρινάκη 25 στα νέα κτίρια, προέκυψε υπόγειος χώρος ώστε με την σύμφωνη γνώμη του τότε Δ/ντή Μ.Εκπ/σης κ. Εμμ. Παπαδάκη και την επιμονή της Ε.Ε.Φ., του τότε συμβούλου Φυσικών και του σημερινού υπευθύνου Ε.Κ.Φ.Ε., ιδρύθηκε το Ε.Κ.Φ.Ε. Ηρακλείου με βάση την Υπουργική απόφαση Γ2/5542/7-10-93/ΥΠΕΠΘ (Υπεύθυνος:Γιάννης Λεβεντάκης) και με προσωπική εργασία μεταφέρθηκαν τα εποπτικά μέσα που είχαν συγκεντρωθεί στο Καπετανάκειο.

Από το 1996 έως το 2000 το Ε.Κ.Φ.Ε. στεγάζεται στο ανήλιαγο υπόγειο της Καστρινάκη, όπου αποσπώνται μερικά συνάδελφοι ως συνεργάτες για την υποστήριξη του έργου του Ε.Κ.Φ.Ε.  με υπεύθυνο τον Γιάννη Λεβεντάκη.

Μετά από επιτόπιο έλεγχο όλων των χώρων των σχολείων της Πόλης του Ηρακλείου για εξεύρεση κατάλληλης στέγης και σε συνεργασία με τον αντινομάρχη κ. Σήφη Αγγελιδάκη, με τροποποίηση σχεδίου, εξευρέθηκε ο σημερινός χώρος. Επιβλέψαμε από την αρχή την κατασκευή του και επισημαίναμε τις μέχρι σήμερα ελλείψεις του.

Το 2000 μετά τις βασικές κατασκευές μεταφέρθηκε (με προσωπική εργασία των Υπεύθυνου Ε.Κ.Φ.Ε. Γιάννη Λεβεντάκη και του τότε συνεργάτη Αντώνη Μαργαρίτη και με την βοήθεια του Δήμου Ηρακλείου) όλος ο εξοπλισμός. Θα πρέπει να τονίσουμε τη σημαντική οικονομική συμβολή του Δήμου Ηρακλείου για την κατασκευή των πάγκων εργασίας (που αποτελούν  πρόταση των Γιάννη Λεβεντάκη και Αντώνη Μαργαρίτη).

ΥΠΕΥΘΥΝΟΙ ΤΟΥ 2ου ΕΚΦΕ ΗΡΑΚΛΕΙΟΥ

ΒΑΣΙΛΗΣ ΓΑΡΓΑΝΟΥΡΑΚΗΣ (2011 - )

ΣΤΕΛΙΟΣ ΔΕΛΑΤΟΛΑΣ (2007-2011)

ΕΠΙΤΡΟΠΑΚΗΣ ΓΡΗΓΟΡΗΣ (2003 - 2007)

ΜΑΡΓΑΡΙΤΗΣ ΑΝΤΩΝΗΣ (2002-2003)

ΣΥΝΕΡΓΑΤΕΣ ΤΟΥ 2ου ΕΚΦΕ ΗΡΑΚΛΕΙΟΥ

ΒΑΣΙΛΑΚΗΣ ΓΙΑΝΝΗΣ 2002-2003

ΒΑΣΙΛΑΚΗΣ ΝΙΚΟΣ 2005-2007

ΕΠΙΤΡΟΠΑΚΗ ΜΑΡΙΑ 2005-2006

ΚΩΤΙΤΣΑΣ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΗΣ 2006-2008

ΜΑΡΚΟΥΛΑΚΗΣ ΝΙΚΟΣ 2006-2007

ΜΗΛΟΛΙΔΑΚΗΣ ΛΕΥΤΕΡΗΣ 2002-2007

ΦΑΝΟΥΡΑΚΗ ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ 2003-2006